Nach den Ereignissen von „Rebellion“ scheint die Welt im Gleichgewicht zu sein – doch dieser Frieden ist brüchig. Als eine neue Bedrohung im Zusammenhang mit der Walpurgisnacht auftaucht, ist Homura Akemi gezwungen, sich den Konsequenzen ihrer Entscheidungen zu stellen und sich zu fragen, wie weit sie bereit ist zu gehen, um Madoka zu beschützen.